Marea noutate în cadrul problematicii Consiliului adusă de Tratatul de la Lisabona este reprezentată de modul în care se desfăşoară procesul de decizie. Astfel, Consiliul va decide cu majoritate calificată, cu excepţia cazurilor în care tratatele prevăd o altă procedură, cum ar fi votul în unanimitate. În practică, odată cu intrarea în vigoare a acestui tratat, votul cu majoritate calificată va fi extins la numeroase domenii de acţiune. Astfel, procedura votului cu majoritate calificată va înlocui regula unanimităţii în numeroase domenii în care aceasta este aplicabilă în prezent. Se va realiza cea mai amplă extindere a majorităţii calificate operate până acum.
Trecerea la majoritate calificată priveşte atât domenii tehnice, cât şi anumite subiecte aparţinând unor domenii foarte sensibile, precum controlul frontierelor, azilul sau migraţia. Alte domenii importante în care Tratatul stabileşte regula majorităţii calificate sunt: dreptul de stabilire; transporturile; politica spaţială; energie; sport; turism; protecţie civilă; cooperarea structurată permanentă în domeniul apărării.
Numeroase domenii rămân totuşi guvernate de regula unanimităţii. Este vorba îndeosebi de: fiscalitate, măsurile de armonizare în domeniul securităţii sociale şi al protecţiei sociale, procedura de revizuire a tratatelor, precum şi cea mai mare parte a politicii externe şi de securitate comune.
Cu toate acestea, în toate aceste domenii (mai puţin în ceea ce priveşte deciziile având implicaţii militare sau în domeniul apărării), Consiliul European poate, în baza unui vot unanim, să împuternicească Consiliul să adopte măsuri cu majoritate calificată. Această aşa-numită clauză-pasarelă este menită să evite modalitatea greoaie de modificare a regulii de vot prin amendarea tratatelor.
Este prevăzut ca prin derogare de la articolul 16 alineatul (4) din Tratatul privind Uniunea Europeană, începând cu l noiembrie 2014 şi sub rezerva dispoziţiilor stabilite prin Protocolul privind dispoziţiile tranzitorii, în cazul în care Consiliul nu hotărăşte la propunerea Comisiei sau a Înaltului Reprezentant al Uniunii pentru afaceri externe şi politica de securitate, majoritatea calificată se defineşte ca fiind egală cu cel puţin 72% din membrii Consiliului reprezentând statele membre participante, care reunesc cel puţin 65% din populaţia Uniunii. Începând cu l noiembrie 2014 şi sub rezerva dispoziţiilor tranzitorii stabilite prin Protocolul privind dispoziţiile tranzitorii, în cazul în care, în temeiul tratatelor, nu toţi membrii Consiliului participă la vot, majoritatea calificată se defineşte după cum urmează:
(a) Majoritatea calificată este definită ca fiind egală cu cel puţin 55% din membrii Consiliului reprezentând statele membre participante, care reunesc cel puţin 65% din populaţia acestor state. Minoritatea de blocare trebuie să includă cel puţin numărul minim de membri din Consiliu, care reprezintă mai mult de 35% din populaţia statelor membre participante, plus un membru, în caz contrar majoritatea calificată se consideră a fi întrunită.
(b) Prin derogare de la litera (a), în cazul în care Consiliul nu hotărăşte la propunerea Comisiei sau a Înaltului Reprezentant al Uniunii pentru afaceri externe şi politica de securitate, majoritatea calificată se defineşte ca fiind egală cu cel puţin 72% din membrii Consiliului reprezentând statele membre participante, care reunesc cel puţin 65% din populaţia respectivelor state.
Conform Tratatului de la Lisabona, până la 31 octombrie 2014 rămân în vigoare următoarele dispoziţii: „Pentru deliberările Consiliului European şi ale Consiliului, care necesită majoritate calificată, voturile membrilor sunt ponderate după cum urmează: Belgia 12; Bulgaria 10; Republica Cehă 12; Danemarca 7; Germania 29; Estonia 4; Irlanda 7; Grecia 12; Spania 27; Franţa 29; Italia 29; Cipru 4; Letonia 4; Lituania 7; Luxemburg 4; Ungaria 12; Malta 3; Olanda 13; Austria 10; Polonia 27; Portugalia 12; România 14; Slovenia 4; Slovacia 7; Finlanda 7; Suedia 10; Regatul Unit 29.
Deliberările sunt încheiate în cazul în care întrunesc cel puţin 255 de voturi favorabile exprimate de majoritatea membrilor, în cazul în care, în temeiul tratatelor, acestea trebuie să fie adoptate la propunerea Comisiei, în celelalte cazuri, deliberările sunt încheiate în cazul în care întrunesc cel puţin 255 de voturi favorabile exprimate de cel puţin două treimi dintre membri.
Un membru al Consiliului European sau al Consiliului poate solicita, la adoptarea, cu majoritate calificată, a unui act de către Consiliul European sau de către Consiliu, să se verifice dacă statele membre care constituie majoritatea calificată reprezintă cel puţin 62% din populaţia totală a Uniunii, în cazul în care se constată că nu este îndeplinită această condiţie, actul în cauză nu este adoptat.
Până la 31 octombrie 2014, în cazul în care, în temeiul tratatelor, nu toţi membrii Consiliului participă la vot, respectiv în cazurile în care se face trimitere la majoritatea calificată definită în conformitate cu articolul 205 alineatul (3) din Tratatul privind funcţionarea Uniunii Europene, majoritatea calificată se defineşte ca fiind aceeaşi proporţie de voturi ponderate şi aceeaşi proporţie a numărului de membri ai Consiliului, precum şi, dacă este necesar, acelaşi procentaj al populaţiei statelor membre menţionate ca şi cele prezentate mai sus.
Între 1 noiembrie 2014 şi 31 martie 2017, în cazul în care membrii Consiliului reprezentând:
(a) cel puţin trei pătrimi din populaţie; sau
(b) cel puţin trei pătrimi din numărul statelor membre
necesare pentru a constitui o minoritate de blocare rezultând din aplicarea articolului 16 alineatul (4) primul paragraf din Tratatul privind Uniunea Europeană sau a articolului 238 alineatul (2) din Tratatul privind funcţionarea Uniunii Europene îşi exprimă opoziţia faţă de adoptarea unui act de către Consiliu cu majoritate calificată, Consiliul deliberează asupra chestiunii în cauză.
În cursul acestor deliberări, Consiliul depune toate eforturile pentru a ajunge, într-un termen rezonabil şi fără a aduce atingere termenelor obligatorii stabilite de dreptul Uniunii, la o soluţie satisfăcătoare, care să răspundă preocupării exprimate de membrii Consiliului menţionaţi mai sus.
În acest scop, preşedintele Consiliului, asistat de Comisie şi în conformitate cu regulamentul de procedură al Consiliului, întreprinde toate iniţiativele necesare pentru a facilita un acord pe baze mai largi în cadrul Consiliului. Membrii Consiliului îşi dau concursul în acest sens.
Începând cu 1 aprilie 2017, în cazul în care membrii Consiliului reprezentând:
(a) cel puţin 55 % din populaţie; sau
(b) cel puţin 55 % din numărul statelor membre
necesare pentru a constitui o minoritate de blocare rezultând din aplicarea articolului 16 alineatul (4) primul paragraf din Tratatul privind Uniunea Europeană sau a articolului 238 alineatul (2) din Tratatul privind funcţionarea Uniunii Europene îşi exprimă opoziţia faţă de adoptarea unui act de către Consiliu cu majoritate calificată, Consiliul deliberează asupra chestiunii în cauză.
În cursul acestor deliberări, Consiliul depune toate eforturile pentru a ajunge, într-un termen rezonabil şi fără a aduce atingere termenelor obligatorii stabilite de dreptul Uniunii, la o soluţie satisfăcătoare, care să răspundă preocupării exprimate de membrii Consiliului menţionaţi mai sus.
În acest scop, preşedintele Consiliului, asistat de Comisie şi în conformitate cu regulamentul de procedură al Consiliului, întreprinde toate iniţiativele necesare pentru a facilita un acord pe baze mai largi în cadrul Consiliului. Membrii Consiliului îşi dau concursul în acest sens.